1998-ம் ஆண்டு நடைபெற்ற தேர்தலில் பாஜக. தலைமையிலான தேசியஜனநாயக கூட்டணி அதிக இடங்களை கைப்பற்றி, இரண்டாவது முறை பிரதமராக பதவி ஏற்றார். 1999-ல் மீண்டும் பிரதமராக பதவியேற்ற வாஜ்பாய், பொக்ரான் அணுகுண்டு சோதனை, கார்கில் போர் ஆகியவற்றை வெற்றிகரமாக நடத்தி பாகிஸ்தானின் மூக்கை உடைத்தார். இந்தவெற்றிகளின் மூலம் இந்தியாவின் ஆற்றலையும், பெருமையயும் உலகநாடுகள் அறியச் செய்தார். பாகிஸ்தானுடனான நல்லுறவை ஏற்படுத்த பேருந்து போக்குவரத்து, அமைதிபேச்சு வார்த்தை என பல்வேறு நடவடிக்கைகளை வாஜ்பாய் எடுத்தார்.